她的父亲在30岁的时候去世，他的死因大概是霍乱。在福克兰宫，她父亲听说了她的出生并预言道：“ 魔鬼与之相伴。它随一个小姑娘而来，也会随一个小姑娘而去！”斯图亚特家族曾通过玛杰瑞（她是苏格兰国王罗伯特一世的女儿）坐上了苏格兰王位的宝座。詹姆士确信玛丽意味着斯图亚特家族在苏格兰统治的结束。其实，通过玛丽的儿子，他们在统一的英格兰和苏格兰的统治开始了。（玛丽在法国的时候采用了法语的拼法“Stuart",她的子孙后代们坚持了它。）

六天大的玛丽成了苏格兰的女王。玛丽出生六个月之后，1543年的七月，根据格林尼治条约，她应该与英格兰的爱德华六世在1552年结婚，他们的继承人将继承英格兰王国和苏格兰王国的王位。两个月以后，玛丽和她的母亲（她当初强烈地反对结婚的建议），躲进了斯特林城堡，那里是为玛丽加冕而准备的。

玛丽于1543年9月9日在斯特林城堡的皇家小礼拜堂加冕为苏格兰女王。如此年幼就加冕为女王和独特的典礼，这场加冕一时在欧洲成为街谈巷议的焦点。

加冕那天，玛丽身着缩小了的厚重的皇家礼服。她柔嫩的脖子上系着深红色天鹅绒斗篷，下摆为貂皮，带有长袖镶有宝石的绸缎长袍包裹着这个婴儿，她已经可以坐起但尚不能走路。林斯顿大人怀抱着她庄严地走进皇家小礼拜堂。礼拜堂内，林斯顿爵士把玛丽带到圣坛前，轻柔地将她放在已经放置好了的王位上。然后他起身扶住她，使她不会滚下。

玛丽女王登基不久，《格林威治条约》便分崩离析。与苏格兰人联姻的婚约并没有能够持续下去，尤其是亨利八世的猜忌心理，他试图改变协议以便在婚姻开始前占有玛丽。他甚至还想破坏苏格兰与法国的传统联盟。因为害怕人民起义，苏格兰议会在这年年末解除了这项条约。

但是这并不能使亨利八世满意。他开始谋划“粗暴求婚”计划，即强迫玛丽嫁给他的儿子。这其中还包含一系列对苏格兰领土的袭击以及其他行动。这一计划一直持续到1551年6月，耗资超过50万镑，许多人为此失去了生命。1544年5月，英格兰的赫特福德伯爵打到了福斯湾，并期盼能攻占爱丁堡俘获还是婴孩的女王，但是玛丽·德·吉斯将女王隐藏在斯特灵城堡的密室中。在这关键时刻，仍然信守亲密同盟的法国人帮助了苏格兰人。

1547年9月10日，又被称为“黑色星期六”，苏格兰人在平其克鲁之战中遭到惨败。玛丽·德·吉斯因为害怕女儿受到伤害，暂时将她送到因其摩霍姆修道院，并转而向法国大使马歇德沃依色尔寻求帮助。法国的新国王，亨利二世，此时正打算透过苏格兰年幼的女王与自己刚出生儿子，皇太子弗朗索瓦的联姻来统一法国与苏格兰。这在玛丽看来是解决其麻烦的唯一明智方法。1548年2月，当玛丽·德·吉斯听到英格兰军队撤军消息后，她将女儿转移到达蒙波特城堡。英格兰的撤军再次只留下一地瓦砾，他们强占了战略要地汉廷顿。到6月，盼望已久的法军才姗姗而来，7月7日，与法国的婚约在距离汉廷顿不远的修道院内签署。玛丽将被送往法国，亨利二世将负责培养教育她。1548年8月7日，亨利二世派出的法国舰队从达蒙波特驶回法国，五岁的苏格兰女王在船上。

在法国王宫里，玛丽是宠儿。她受到了法国所能提供的最好的教育，当她教育生涯结束时，她已掌握了法语、拉丁语、希腊语、西班牙语和意大利语，加上她原先的母语——苏格兰语。她学会了两种乐器的演奏方法并学习了散文，马术，训鹰术和缝纫。

1558年4月24日，她在巴黎圣母院嫁给了法国皇太子弗朗索瓦。1559年7月10日，她成为了法国王后；她丈夫成为了法兰西弗朗索瓦二世。按照常规继承法的规定，玛丽在其无嗣的表姐伊丽莎白一世之后，是英格兰王位的下一个继承人。但是，根据天主教规，伊丽莎白是私生女，玛丽才是真正的王位继承人。尽管反天主教嗣位法直到1701年才通过，但是亨利八世的意志使斯图亚特家族仍被排除在继承英国王位的行列里。

1560年12月5日，弗朗索瓦二世去世。玛丽的婆婆，凯瑟琳·德·梅第奇开始摄政。1560年7月6日，玛丽的代表签署了爱丁堡条约，按条约法国从苏格兰撤军，并承认伊丽莎白女王在英格兰的统治权。仍居法国的十八岁的玛丽拒绝批准这个条约。

此后不久，这位年轻的寡妇就回到了苏格兰。她才仅仅十八岁，尽管她很有天赋，但她的成长背景没有给她判断力以应付当时苏格兰危险复杂政治局面。宗教使得人民之间矛盾重重，玛丽的私生兄弟，第一代默瑞伯爵詹姆士·斯图亚特，是新教派系的首领。玛丽，作为一个虔诚的罗马天主教徒，却遭到了许多臣民和她父亲表妹英格兰女王伊丽莎白一世以及新教邻国君主的猜疑。新教改革者约翰·诺克斯就公然鼓动他人反对玛丽，指责玛丽听弥撒，跳舞，穿着太精细和其他东西，亦真亦幻。

1561年，玛丽思考再三决定邀请伊丽莎白访问苏格兰。然而伊丽莎白仍对血统一事耿耿于怀。玛丽于是派遣了雷森顿的威廉马特兰德作为驻英格兰宫廷的大使提交了将玛丽作为可能的英格兰储君的议案。伊丽莎白的回应可以归纳如下：“以我王位的称谓和我所处的时代为名，她将不可能获得储君的地位。”然而，在玛丽写给盖斯公爵的信中，却记载了马特兰德告诉她的一些其他事情，包括伊丽莎白支持她的声明：“在我眼中没有比玛丽更好适合这个职位的人，我本人就很亲徕她。在这件事情中，伊丽莎白就刻意留心了议会的作用。

1563年，为了平衡与玛丽的关系，伊丽莎白试图劝说玛丽嫁给罗伯特达德利，莱切斯特伯爵一世，亨利辛迪爵士的姻亲。他深得伊丽莎白女王信任并且认为她可以借此控制玛丽。达德利是个新教徒，对伊丽莎白而言，这此联姻能达到一石二鸟的效果。她派遣了一个特使告知玛丽，如果她嫁给伊丽莎白指定的一个人（在那时还是匿名的），伊丽莎白将“开始调查玛丽是否具有权利获得王室称谓而成为伊丽莎白的堂妹进而成为王位继承人。”这个计划遭到了玛丽的拒绝。

1565年7月29日，在圣十字架宫，玛丽出人意料地嫁给了亨利·斯图亚特，达恩利爵士，英格兰亨利七世的后裔。玛丽的长堂兄。对于天主教首领，同时也是她的私生兄弟，莫里伯爵而言是突然一击。他们公然发动叛乱，玛丽不得不于1565年8月26日逃往斯特灵去组织力量进行抵抗。9月，玛丽又前往爱丁堡招募更多军队。莫里和其他起兵的贵族被击败了，决定胜负的战斗即是后来广为人知的蔡斯袭击。玛丽与达恩利的联姻激怒了伊丽莎白：她认为这次婚姻尽管已经完成但是应该得到她的许可。因为达恩利的英格兰贵族头衔。伊丽莎白觉察到这次婚姻带给她本人的威胁。因为达德利具有英格兰和苏格兰皇室的血统，任何达恩利和玛丽的子女都极有可能去继承玛丽和伊丽莎白皇位（事实上他的确继承了双方的疆域）。

不久以后，玛丽就怀孕了。但达恩利很快就变得傲慢自大，桀骜不逊，贪求权力，要求在他的头衔上赠以“国王”的名号。他嫉妒玛丽与她私人秘书，大卫瑞里奥之间的友谊，在1566年3月，达恩利进入参与了一个在蔡斯袭击中反叛玛丽的贵族组成的秘谋组织。3月9日，一个贵族团体，伙同达恩利，刺杀了当时正在圣十字架宫与玛丽会商国事的瑞里奥。这次行动加速了玛丽与达恩利婚姻的破裂。达恩利很快再次改变了立场与那些参与刺杀的贵族决裂，但在另一场合，他袭击了玛丽，正是这次不成功的袭击导致了玛丽的流产。

随着1566年7月，玛丽的继承人即以后的英格兰詹姆士一世，苏格兰詹姆士六世的出世，玛丽声称孩子的父亲是詹姆士赫伯恩，伯斯维尔四世伯爵，一个即将成为她第三任丈夫的冒险家。一个除掉达恩利的阴谋正逐渐形成，此时的达恩利正重病缠身，（有可能是梅毒）。他被安排在爱丁堡的一幢别墅里康复，玛丽常去探望他。1567年2月，别墅里发生了一次爆炸，爆炸发生后，在花园里发现了已经咽气的达恩利。他看起来是被掐死的。这一事件原本是对玛丽的一种解脱，却不想败坏了她的名誉。大家都把注意力放到了伯斯维尔身上，认为是他刺杀了达恩利，由此招致了一场对伯斯维尔的审判但最后法庭宣判他无罪。玛丽试图在贵族中重新寻找支持。他们中的一部分就是在伯斯维尔曾经笼络过签署了埃斯里客栈联合声明，支持他迎娶玛丽的贵族。

4月24日，玛丽最后一次在斯特灵探视了她的儿子。在她返回爱丁堡的路上她遭到了绑架。无论是否出于玛丽的自愿，当伯斯维尔和他的手下将她带回邓巴城堡时，她被伯斯维尔强暴了。5月6日，他们返回到爱丁堡，5月15日，在圣十字架宫，玛丽和伯斯维尔举行了新教仪式的婚礼。

贵族们都转而反对玛丽和伯斯维尔并起兵反叛。6月15日玛丽和伯斯维尔不得不退到卡伯里山上对抗贵族军队。战斗没有打响，玛丽以释放伯斯维尔的条件下答应了贵族的要求。但是贵族们没有信守他们的承诺并将她带到爱丁堡囚禁在列文湖城堡，这个城堡坐落在列文湖中央小岛上。从1567年7月18日到24日，玛丽怀的一对双胞胎在城堡里流产了。7月24日，她被迫退位并将王位传给只有一岁大的詹姆士。

1568年5月2日，玛丽从列文湖逃脱并再一次成功地招募了一支规模不大的军队。当她的军队于5月13日在兰塞德战役被击败后，三天之后玛丽逃往英格兰。迅即于5月19日，被伊丽莎白德军官囚禁在卡莱尔城堡，在囚禁期间，她说了那句名言：“In my end is my beginning”（我死即我生）。并将这句话镶嵌在她衣服的花边上。

在关于玛丽是否应该为谋杀达恩利负责的争论结束后，伊丽莎白决定对玛丽采取质询而不是审判来解决问题。1568年10月至1569年1月间，对玛丽的质询在约克实行。这场质询具有极强的政治色彩。伊丽莎白并不希望玛丽被判谋杀罪，而玛丽，因为她曾经受过教会的涂油礼，拒绝承认任何世俗审判的权威性。莫里伯爵詹姆士斯图尔特，最终负责对玛丽进行起诉，他同时也掌管玛丽缺位时的苏格兰，其主要任务是不让玛丽返回苏格兰并控制那些支持玛丽的苏格兰人民。

伊丽莎白认为玛丽图谋染指英格兰的王位并对她造成了威胁。此后玛丽被她囚禁了十八年。其中大部分时间，玛丽被软禁在谢菲尔德城堡和谢菲尔德庄园。詹姆士赫伯恩则被囚禁在了丹麦，患上了精神病，最后死于1578年。当时也身陷囹圄，1580年，软禁玛丽的责任被转交到了阿米爱斯伯勒特手中。玛丽在他的关怀下度过了余生。

玛丽斯图亚特于1587年2月8日在北安普敦郡佛斯里亨城堡被处极刑，罪名是被怀疑卷入贝比通阴谋，企图刺杀伊丽莎白。行刑那天，玛丽身着红色，表明她是一个天主教殉教者。

行刑过程是很残酷的，一些人事后回忆说那天刽子手喝醉之后长喘三口大气才把玛丽的头砍下来，当第一斧头下去，据传她用喉咙喃喃作声说：“刽子手，做完你的事儿！”关于这场行刑有很多其他版本，但经久不衰延续至今的版本是：当刽子手拿着玛丽面容冷峻的头颅向在场的人展示的时候，这才发现玛丽戴了一个假发头套（戴着假发就像她平时那样）。刽子手抓着一束玛丽的毛发从而拎着她的头。却发现死去的女王的嘴还对着下面的祈祷者在动。另一个事件是躲在玛丽的小猎犬，躲在她的裙子里，当玛丽被处刑时因为痛苦而逃了出来。反复清洗几次才将粘在它毛发上的女主人的血迹清除。

玛丽最初被埋葬在彼得镇大教堂，但是她的遗体于1612年被她的儿子，英格兰国王詹姆士一世挖掘出来了，迁葬到威斯敏斯特教堂。现在仍在那儿，她的墓穴和她表姐伊丽莎白的只有30英尺（9米）之遥。

奥地利著名作家斯蒂芬·茨威曾著书：《为爱疯狂——苏格兰女王玛丽·斯图亚特传》，是较著名的讲述Mary Queen的一生的传记，以Mary Queen的爱情为视角，在国内可以找到中文译本（花城出版社）。 有关玛丽女王生平的两部经典电影（两者都没有基于历史事实而是从故事中取材）分别是1936年拍摄的苏格兰的玛丽，由凯瑟琳·赫本和弗里德里克马歇出演，还有一部是1971年拍摄的玛丽：苏格兰女王（电影）。由瓦内莎里德格瑞夫（获得奥斯卡金像奖）和奈杰尔达文波特出演。玛丽的事迹也引起了戏剧界的关注，多尼采蒂盖尔塔诺写作了以玛丽斯图亚特为名的歌剧。弗里德里克席勒写作了剧本玛利亚斯图亚特。诗人约瑟夫布罗德斯凯用俄语写作的写给玛丽斯图亚特的十四行诗获得了诺贝尔奖，使人将玛丽设定为一个对话者。同样，玛丽的事迹激励了麦克沃德弗里德写作了歌曲“致法国”。如果对Mary Queen有兴趣的话，可以参阅。